Для проверки того, что пользователь является реальным человеком, имеющим почту. Хотя это не 100:-я проверка. Ну хоть что-то.
Во первых это средство для уменьшения спамерских регистраций. Во вторых емайлы это полезный ресурс. Зачем конкретному сайту нужны зарегистрированные пользователи? Можно время от времени рассылать инфу заинтересованным лицам, а не просто в космос. Активацией человек подтверждает что а) заинтересован и б) он действительно получает почту в этот ящик.
Как тогда правильно организовать такое подтверждение? Добавить поле в таблицу ( к примеру users), в которое будет заноситься рандомное значение и оно же будет добавляться в ссылку при правильном указании данных при регистрации и отправляться зарегистрированному пользователю на указанный email при регистрации? Далее при проходе по данной ссылке пользователем подтверждать регистрацию? Примерно так?