Это простая математическая операция, просто нужно посмотреть размер комиссии https://wiki.wmtransfer.com/projects/webmoney/wiki/WebMoney_Transfer_fee
Вы не знаете как найти значение процента от числа или в чем проблема? Сделайте не на php а на математике начальной школы, перевод на php радиколько отличаться не будет от решения.
PHP: $a = 100; $b = $a * 0.05; //По какому алгоритму ищется третье число я не знаю, но предполагаю что как-то так: $c = $a - $a * 0.0012