Хояю понять как это работает. Например на PayPale такая штуа... Вводишь номер карты и cvv код, с твоего щета уходят денежки в магазин. Где можно почитать об оплате Visa/MasterCart? И о программировании данной оплаты.
чаще всего такое делается через посредников и их сервисы, они предоставляют апи, которое ты уже подключаешь к своим скриптам. Пример