Как отразится на работе и быстроте сайта инклюд больших скриптов (примерно 1000 строчек кода)? Поясню: раньше я инклюдил только всякие мелочи типа шапки сайта, футера и т.д., а сейчас возникла необходимость иклюдить 1000 строчек различного php-кода.
никак. Не забивай этим себе голову. Когда будет готов проект сделаешь профайлинг и все узкие места увидишь.
Пфф. Поподробней это очень долго. Вкратце, когда будет проект работать. Включишь профайлер, например, http://www.xdebug.org/docs/profiler и пусть c проектом поработают. Профайлер произведет замеры, сколько и где времени тратится, вплоть до конретной функции. При помощи http://sourceforge.net/projects/wincachegrind можно будет это все посмотреть. P.S. В Zend Studio есть встроенный профайлер.