PHP-скрипты не компилируются в бинарники, пока, во всяком случае. Или вы какой-нибудь IonCube в виду имеете?
Ды там как - рынок плагинов под ней большой, все все друг у друга тырят, народ пытается хоть как-то оградиться. Ионкубы не видел, в силу того, что не все так просто с ним. Но видел base64, видел просто обфускацию дикую, видел и то и другое. Определенный резон в этом есть. Как минимум всякая школота не сможет просто взять и стырить. Ну и "поддержку" усложняет. То есть нельзя взять чужой плагин за основу и сделать что-то свое. Только скопировать. А там палево будет. Очень любят в base64 в три слоя зашивать фрагменты кода, выводящие копирайты, вотермарки всякие, ссылки на сайт производителя плагина. И вот вроде у тебя есть сайт, а он как елка покрыт ссылками на сайты, с которых плагины скачаны, скуплены. И вот у тебя есть плагины такие и, с одной стороны, ну есть ссылка и есть. А с другой, где гарантия, что мне бэкдоров не напихали? Все самому руками проверять? И так после каждого апдейта? Джумла специфичная, в общем. Я оттуда позаимствовал, в свое время, пару идей, но не более того. Окунаться в это болото с головой, тьфу тьфу, пока не приходилось.