Нормально обстоят, как и должно - указывается URL и все. Я вообще не понимаю, откуда такое, что могут быть проблемы. Работа с репозиторием осуществляется посредством библиотек или бинарей subversion, а не напрямую с файликами. Репозиторий опрелеяется через URL даже в случае локальной файловой системы - мы пишем file://localhost/path/on/server/project/trunk. Конечному софту должно быть ну совершенно фиолетово в каком месте этого пути кончается физический путь и начинается путь в репозитории.
А если собственоручно написанная библиотека вдруг чем-то не устраивает - пишете новую с нуля? А самое главное, что вообще этот аргумент не работает в данном случае. Черный ящик библиотека или нет - разделение на репозитории никак не поможет тут. Точно так же можно держать эти черные ящики в одном репозитории. Т.е. разницы никакой, а плодить репозитории, плодить или линковать конфиги к ним, настраивать каждому бакап и так далее - не нужно.