Вопрос довольно необычный. Есть у меня проект, серверную часть пишу на Python и использую для этого PyCharm, клиентскую - на JS, соответственно, использую PHPStorm. Учитывая, что и то, и другое живет в одной папке - оба IDE ссылаются на одну папку .idea и на один файл workspace.xml. В итоге у них постоянная паранойя на тему "хозяина, кто-то перезаписал мой workspace.xml!". Можно им как-то указать, где хранить свои xml-ки, или просто переконструировать проект и разнести сервер и клиент в совершенно разные папки?
при создании проекта шторм и нетбинс спрашивают, хранить ли их служебные файлы отдельно. поищи галочку или вытащись из репы и поставь её.