Чтобы запретить загрузку файлов, надо выставить соотвествтующий CHMOD. Но всё, что отображается в браузере, уже скачивается на компьютер, в т.ч. css, javascript и т.д. Если закроете доступ, они и в браузере не будут работать. Это матчасть HTTP.
Самый простой способ защиты - ни где не размещать информацию, а хранить ее на флэшке в банковской ячейке :lol: