Все, нашел причину такой бешенной задержки во времени. Это оказалась происходит из-за функции gethostbyaddr($ip); Наверно для некоторых ip она туго выполняется... Отсюда и задержки... Бэкдора следовательно нет. Всем спасибо.
Написал тебе в личку ссылку. А для тех, кто хочет у себя тестануть - /template/antidos.php - это тот файл, в котором эта функция находилась. Я ее закомментировал, хотя понимаю, что это неправильно Но ничего не поделаешь, 9 сек генерировать страницу (на реальном сервере ) - это слишком.