На сервере debian под управлением isp-manager. Если запускаю через консоль php-скрипт, в котором вызов сторонней програмы с помощью exec, то выводит нормально через print_r результат работы это програмы. Если запускаю через апач - пустой массив. Как сделать чтобы через апач я тоже получал нормальный результат?
для консоли и для веба могут быть разные php.ini. и в конфиге апача могут быть прописаны дополнительные установки для php. консоль вы запускаете от имени рута (скорее всего), а сервер работает из-под непривелегированного www-data. так что это нормально, что поведение в консоли и на странице разное.
Консоль я запускаю от пользователя, пробовал апач запускать от этого же пользователя - результат один и тот же.
phpinfo выведи, - главный раздел, строка Loaded Configuration File - что показывает? - раздел Environment переменная USER - что там? из консоли то же самое сделай, сравни.