расстояние между блоками

Либо у верхних поставить меньше margin-bottom, либо у нижних меньше margin-top (вплоть до отрицательного)

 

ну в цикле добавь у словие только для 3,5,78,987 итерации вывести блоки с маргином!

 

Смотрите такой вариант. Осёл 9 версии и ниже не поддерживает такую фишку, но если на них ставку не делаете, то подойдёт.

P.S. Вариант второй. Дружит даже с ослом восьмой версии, но требует дополнительных элементов в разметке.

 

if($i == 1 || $i == 4 || $i == 6785 ){
<div style="position:relative; display:inline-block; vertical-align:top; margin-right:10px; margin-left:10px;margin-bottom:1000px; margin-top:10px; width:290px;"></div
}