К примеру нужно создать сайт. Я запускаю MySQL Workbench. Создаю там сущности, провожу между ними связи и выставляю целостность данных. Он у меня подключен в веб-серверу. Такой вопрос при создании сайта эти связи учитываются или нужно внутри переменной $query писать запрос не к одной таблица, а сразу к нескольким. То есть при запуске веб-сервера таблицы там хранятся отдельно или связанными как мы установили в MySQL Workbench. Если нет, тогда зачем он нужен ?
Отдельно построение схемы бд нужно с целью схематического определения связей и описания их а также принятия решения о создании индексов на свезующих полях с целью ускорения запросов. Готовые модели не генерируеются. Это к Doctrine и ей подобным ORM.
а в самом MySQl же можно запросами прописать? или лучше в самом скрипте все прописывать, потому что сервак будет грузиться?
На стороне СУБД можно создать хранимые процедуры, которые вызывать из кода приложения. Прибегать к их применению можно и нужно при условии четкого понимания целесообразности их применения в каждом конкретном случае.