Выключить эксплод пхп-машины в заголовках ответа. И как бы всё. Запрошенный ресурс ведь всегда можно рерайтить к пхп-машине. Ну еще выключить вывод ошибок, сменить имя сессии.
Можно на главной странице баннер повесить 1000х500 с анимированной контрастной надписью: "PHP здесь нет, это не PHP" Можно доменное имя выбрать "ne-php.ru" Но это слишком очевидно будет наверное. Можно обманный манёвр. Внизу: "Все права защищены. Сайт написан на PHP, но это не точно." Надеюсь, направление мысли изложил ясно.
@rs_ssh смех смехом, а писька к верху мехом с какой целью скрываешь? большинство сайтов написаны на пхп. Если не увидят что это пхп то решат, что скорее всего пхп.