удаление из 2х таблиц

Неправда, ибо b у вас в условии запроса отсутствует совсем, и структуры таблиц вы не привели.

Всё можно, если осторожно (с).

Если правильно вас понял, то вам нужно такое?

Исходная ситуация:

Код (Text):

1.  
2. mysql> create table a (id int, payload varchar(10));
3. Query OK, 0 rows affected (0.04 sec)
4.  
5. mysql> create table b (id int, payload varchar(10));
6. Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
7.  
8. mysql> select * from a;
9. Empty set (0.00 sec)
10.  
11. mysql> insert into a values(1,'bar'),(2, 'foo'),(3, 'baz');
12. Query OK, 3 rows affected (0.00 sec)
13. Records: 3  Duplicates: 0  Warnings: 0
14.  
15. mysql> insert into b values(1,'bar'),(2, 'foo');
16. Query OK, 2 rows affected (0.00 sec)
17. Records: 2  Duplicates: 0  Warnings: 0
18.  
19. mysql> select * from a;
20. +------+---------+
21. | id   | payload |
22. +------+---------+
23. |    1 | bar     |
24. |    2 | foo     |
25. |    3 | baz     |
26. +------+---------+
27. 3 rows in set (0.00 sec)
28.  
29. mysql> select * from b;
30. +------+---------+
31. | id   | payload |
32. +------+---------+
33. |    1 | bar     |
34. |    2 | foo     |
35. +------+---------+
36. 2 rows in set (0.01 sec)

Стираем только то, что есть в обоих таблицах:

Код (Text):

1.  
2. mysql> delete a, b
3.     -> from a
4.     -> left join b using(id)
5.     -> where a.id IN (1,2);
6. Query OK, 4 rows affected (0.00 sec)
7.  
8. mysql> select * from a;
9. +------+---------+
10. | id   | payload |
11. +------+---------+
12. |    3 | baz     |
13. +------+---------+
14. 1 row in set (0.00 sec)
15.  
16. mysql> select * from b;
17. Empty set (0.00 sec)

Тем же самым запросом стираем оставшиеся данные в a, которых в b нет.

Код (Text):

1.  
2. mysql> delete a, b
3.     -> from a
4.     -> left join b using(id)
5.     -> where a.id IN (3);
6. Query OK, 1 row affected (0.00 sec)
7.  
8. mysql> select * from a;
9. Empty set (0.00 sec)
10.  
11. mysql> select * from b;
12. Empty set (0.00 sec)

Как вы видите, запрос в обоих случаях один и тот же, только id подставляем, а там всё равно, есть они в b или нет.