нет. ИМХО: 1. сайт - понятие растяжимое. 2. написать сайт с нуля - значит не использовать к-л наработки (в том числе готовые cms, cmf, фреймверки, etc.). 3. написать сайт с нуля - обычно не очень хорошая идея.
а если я использую куски чужого кода? например какой-то класс. или чьё-то решение(с деревьями например). тогда как быть?
Все используют чужой код. Встроенные функции php это уже чужой код. Но в отличие от фреймворков и сторонних движков чужой код не диктует структуру твоего сайта.