Если через ajax загружать контент на страницу то ПС его не видит, но если через include вставить часть контента то ПС его учтет для текущей страницы? P.S Впервые делаю самописный сайт
А что такое "ПС"? ПлейСтейшен или ПостСкриптум? А может Предмесячный Синдром? Хотя, нет... там вроде ПМС. В общем, раскройте тайну
поисковик видит то же что и ты, когда вызываешь "Исходный код страницы" в браузере, там уже нет никаких инклудов.