Вся CMS в одном файле

Я представляю, как ты будешь ориентироваться в нескольких десятков-сот тысяч строках.
Но это меньшее из всех зол, с которым ты столкнешься.

 

на правах бесполезного опыта

PHP:

1. <?php
2. // подготовка
3.  
4. // 1 большой файл
5. $f=fopen('test/test.php','w');
6. for($i=0;$i<2000;$i++){
7.     $str = 'function'.$i.'(){ echo "test"; }'."\r\n";
8.     fwrite($f,$str);
9. }
10. fclose($f);
11.  
12. // много маленьких
13. for($i=0;$i<2000;$i++){
14.     $f=fopen('test/test'.$i.'.php','w');
15.     $str = 'function'.$i.'(){ echo "test"; }'."\r\n";
16.     fwrite($f,$str);
17.     fclose($f);
18. }
19. ?>

инклюд из одного

PHP:

1. <?php
2. function getmicrotime(){
3.     list($usec, $sec) = explode(" ",microtime());
4.     return ((float)$usec + (float)$sec);
5. }
6.  
7. $start = getmicrotime();
8. include 'test/test.php';
9. echo 'Один файл '.(getmicrotime() - $start);
10. ?>

инклюд многих

PHP:

1. <?php
2. function getmicrotime(){
3.     list($usec, $sec) = explode(" ",microtime());
4.     return ((float)$usec + (float)$sec);
5. }
6.  
7. $start = getmicrotime();
8. for($i=0;$i<2000;$i++){
9. include 'test/test'.$i.'.php';
10. }
11. echo 'Много файлов '.(getmicrotime() - $start);
12. ?>

Код (Text):

1.  
2. Один файл 0.5221118927
3. 2000 файлов 12.8315119743
4.  
5. 3 файла/функциа
6. Один файл 0.00338578224182
7. 3 файла 0.0069789600372

Есть подозрения, что основной тормоз здесь — файловая система, а не php.
как видим, разница, при подключении реального количества файлов, не велика. В любом случае, разбивка на файлы позволяет легче понять/реализовать структуру приложения.