Например, когда длинный адрес до с подключаемыми файлами или файлы подключаются с удаленного компьютера, чтобы не забывать подставлять адрес до сервера.
устанавливает путь до файлов типа "по умолчанию". типа прсто пишеш имя файла, а функция include подставляет путь перед ним который в set_include_path ну ты загнул =)
Когда ты указываешь относительный путь в require/include php ищет файл сначала относительно текущей директории, а потом пробегается по путям указанным в include_path. В include_path может быть несколько путей.